niedziela, 31 marca 2013

Samobójstwo w świecie komórek- apoptoza.


W obliczu zerwania między Koreą Północną i Południową traktatu o nieagresji i zapowiadającej się, nieuniknionej drugiej wojny koreańskiej w powietrzu zawisł mi w pokoju temat śmierci. Stwierdziłem, że śmierć sama w sobie jest bardzo ciekawa i dziwna, ale jeszcze dziwniejsza robi się na poziomie komórki. Chciałbym wam przybliżyć tą tematykę, ponieważ jest ona bardzo dziwaczna. Domyślam się, że mało ludzi zastanawiało się nad tym czy komórka może umrzeć, albo czy jej pojedyncze elementy trafiają na śmietnik. W sumie, zapewne mało ludzi zastanawiało się czym w ogóle jest śmierć, której definicja jest tak niejasna (w sumie nie istnieje) jak (nie)definicja życia. Zanim przejdę do sedna sprawy, spróbujmy na potrzeby tego artykułu zdefiniować sobie śmierć, a przy okazji zobaczymy i przekonamy się, że nie jest to takie łatwe.

W dawniejszych czasach za śmierć uważano moment, w którym osoba nie wykazywała się czynnością oddechową, ani krążeniową. Wraz z rozwojem medycyny okazało się, że mimo tego, że człowiek sam nie jest w stanie oddychać, ani jego serce samo z siebie nie bije, za pomocą maszyn można robić to za niego- oczywiście definicja śmierci musiała się zmienić. Uznano więc, że za śmierć człowieka uznaje się moment w którym następuje śmierć mózgu. Jest to dość nieprecyzyjne pojęcie, bo niby jak je rozumieć? Czy w jednej chwili zanika tylko aktywność chemiczna między synapsami, czy w momencie umierają wszystkie komórki nerwowe? Ponieważ udało się dojść do wniosku, że śmierć mózgu nie oznacza śmierci jego komórek, uznano, że „stan” śmierci oznacza śmierć pnia mózgu. Dalej definicja jest niejasna, ponieważ śmierć pnia mózgu też nie oznacza, że wszystkie jego komórki w tej samej chwili przestają pracować. Obecnie uznaje się, że śmierć pnia mózgu i mózgu to moment w którym nie są one w  stanie podtrzymywać ciała przy życiu, nie reagują na żadne bodźce. Prościej niż ułożenie definicji śmierci jest podanie jej objawów tj. ustanie krążenia, ustanie oddychania, ochłodzenie skóry, brak reakcji na bodźce, bladość ciała, oraz inne symptomy, które definitywnie świadczą o „martwości” osobnika (wcześniejsze nie są jednoznaczne z byciem martwym) tj. plamy opadowe, wysychanie pośmiertne rogówki, gnicie. Wniosek z tego taki, że gdy zobaczysz człowieka, który nie oddycha i nie reaguje na bodźce, to nie możesz być pewny, czy on żyje czy nie, ale gdy zobaczysz u niego plamy opadowe, albo wyschniętą rogówkę- możesz być pewny, że jemu już nic nie pomoże.

Jak to się ma do śmierci komórki? Nijak. Patrząc na komórkę raczej ciężko u niej stwierdzić braku oddechu, braku krążenia, plamy opadowej czy bladości ciała. Trzeba szukać dalej. Czy śmierć komórki jest śmiercią, czy też samobójstwem. Wszystko wskazuje na to, że komórki jeśli nie są zabijane, to same się zabijają.

Apoptoza, bo o tym mowa, jest planowaną, zaprogramowaną śmiercią komórki. Gdy komórka „dojdzie do wniosku” że jest już zbędna, albo, że na jej miejsce powinny wejść inne komórki, „otwiera” ona odpowiedni „program” i po prostu sama się unicestwia, bez szkody dla organizmu. Chciałbym przyjrzeć się temu zjawisku i jego mechanizmom, które są bardzo ciekawe i zawiłe.

Proces samobójstwa z perspektywy komórki jest skomplikowany i wymagający integracji wielu genów, białek i procesów. Proces z uwagi na jego charakter jest bardzo endoergiczny, a czas potrzebny na całkowite unicestwienie komórki wynosi od kilku godzin do nawet kilku dni. Na początku przyjrzyjmy się temu co dzieje się z poszczególnymi elementami komórki w momencie zadecydowania o samobójstwie. Później przyjrzymy się dogłębniejszym mechanizmom samego procesu.

W momencie, gdy komórka poddaje się eutanazji zaczyna się obkurczać i traci kontakt z otaczającymi ją komórkami. W końcowym etapie, gdy z komórki pozostają jedynie resztki, komórki sąsiednie wchłaniają je. Błona komórki zachowuje swoją integralność, ale zaczyna się fragmentować, co prowadzi do powolnego dzielenia komórki na ciałka apoptyczne. Organelle komórkowe nie ulegają istotnym zmianom. Ich cytoplazma obkurcza się- prowadzi to do odwodnienia. W jądrze komórkowym następuje kondensacja chromatyny oraz jej fragmentacja na mniejsze kawałki. Mitochondria pęcznieją i zanika ich potencjał błonowy. Jeśli chodzi o lizosomy nie ulegają one zmianom. Białka tj. kinazy białkowe i fosfatazy zaczynają się aktywować. Obok nich do „akcji” włączają się również kaspazy, nukleazy i kalpainy. Atakują one inne białka i prowadzą je do dezintegracji i proteolizy.

Schemat indukcji apoptozy. 
Jak komórka podejmuje decyzję, że czas ze sobą skończyć ? Jednym ze szlaków zapoczątkowującym proces apoptozy są receptory śmierci i ich ligandy. Receptory śmierci (DR- death receptors) są to białka transbłonowe, których struktura dzieli się na wewnątrzkomórkową, transbłonową i zewnątrzkomórkową. Przyjrzyjmy się dokładniejszej budowie DR. Ich część zewnątrzkomórkowa zawiera wiele reszt cysteiny, dzięki czemu możliwe jest rozpoznanie określonych, specyficznych ligandów. Część wewnątrz komórki posiada tzw. domenę śmierci (DD- death domain), czyli długą na około 80 reszt aminokwasowych sekwencję, która zostaje aktywowana w momencie przyłączenia odpowiedniego sygnału w części zewnątrzkomórkowej. W momencie przyłączenia do części zewnątrzkomórkowej odpowiedniego liganda, część wewnątrzkomórkowa zostaje aktywowana, dzięki czemu ona sama może aktywować odpowiednie białka tj. kaspazy, które uczestniczą w dalszej części procesu apoptozy.

Innym receptorem jest receptor Fas, glikoproteina. Receptor Fas aktywowany jest przez ligandy tj.  cytokina Fas-L. Po związaniu cytokiny, receptor ulega reakcji trimeryzacji i agreguję, co pozwala na wnikanie mu do cytoplazmy komórki. W momencie wniknięcia do cytoplazmy, ztrimeryzowany receptor w pewnym momencie spotyka białko FADD (białko adaptorowe), z którym wiąże się. Powstaje wtedy kompleks białkowy zawierający na jednym końcu domenę efektorową śmierci (DED), a na drugim końcu domenę śmierci. Dzięki powstaniu takiego kompleksu możliwe jest aktywowanie enzymów- kaspaz, przez domenę DED, która jest podobna do domeny DED w części białka prokaspazy-8.

Indukcja apoptozy z udziałem mitochondrium. 
Powyżej był opisany po krótcy proces indukcji apoptozy, przez czynniki zewnętrzne. Istnieje też szlak wewnętrzny. Pełnią w nim role głownie mitochondria, które w naturalnych warunkach utrzymują komórkę przy życiu. Stanowią one miejsce, w którym „zapadają” decyzję dotyczące indukcji sygnałów apoptycznych. Oczywiście mitochondria nie aktywują samobójstwa bezpodstawnie. Mitochondria są wrażliwe na czynniki takie jak wzrost stężenia reaktywnych form tlenu, stężenia jonów wapniowych, wzrost stężenia tlenku azotu, szok termiczny, różnego rodzaju toksyny i zaburzenia w procesie transportu elektronów.

W pierwszej kolejności, gdy mitochondrium „wyczuje” czynniki aktywujące śmiercionośny pogram, otwierają się megakanały mitochondrialne (PTP), które powstają na stykach wewnętrznej i zewnętrznej błony mitochondrium. Megakanały zbudowane są z wielu enzymów tj. kinaza keratynowa, heksokinaza, kinaza glicerylowa i inne. Po otwarciu kanałów, obniża się potencjał błony mitochondrialnej, co ogranicza produkcję ATP- uniwersalnego nośnika energii chemicznej. W tym samym czasie w macierzy mitochondrialnej wzrasta stężenie kationów wapniowych. Przez kanały z mitochondrium do cytoplazmy przedostaje się białko cytochrom c (które w mitochondrium pełni rolę transportera elektronów w szlaku elektronowych). Właśnie cytochrom c jest jednym z głównych sygnałów apoptycznych nadawanych przez mitochondria. Cytochrom c wiążę się w cytoplazmie z białkami BAX i BAK, które jako kompleksy wiążą się z innymi białkami adaptorowymi, a te agregują i „włączają” kaspazy.  Objaśnię jeszcze, dlaczego mitochondria pęcznieją, mimo, że powinny się kurczyć. Niektóre białka występujące w przestrzeni międzybłonowej mitochondrium są zbyt wielkie, aby mogły przejść swobodnie przez megakanały. W tym samym czasie zmiany stężeń jonów kationowych w macierzy mitochondrialnej (ich napływ do macierzy) związany jest z ciągłym napływem wody do wnętrza mitochondriów (zgodnie z prawami osmozy), co prowadzi do ich napęcznienia, a w konsekwencji do pękania ich błony. Trzeba dodać jeszcze, że wypływający do cytoplazmy cytochrom c łączący się z prokaspazami 9 tworzy duży kompleks białkowy nazwany apoptosomem. Proces ten wymaga użycia energii zmagazynowanej w wiązaniach makroergicznych ATP. Po uformowaniu kompleksu w jego obrębie dokonuje się aktywacja nieaktywnych dotąd białek kaspaz.

Ostatnim omówionym przeze mnie szlakiem indukującym proces apoptozy jest szlak wywołany stresem. Szukałem w kilku miejscach i nie znalazłem specyficznej nazwy dla tego szlaku, dlatego na potrzeby artykułu nazwę go „szlakiem siateczki śródplazmatycznej” (SSS), albo „szlakiem retikulum endoplazmatycznego” (SRE). W tym przypadku proces apoptozy zaczyna się w siateczce śródplazmatycznej na skutek poważnych zaburzeń homeostazy komórki. W wyniku stresu (bez udziału szlaku błonowego i mitochondrialnego) zaburzona zostaje gospodarka kationami wapnia, oraz gromadzeniem w siateczce śródplazmatycznej źle zsyntezowanych białek, albo białek, które uległy niepoprawnej obróbce posttranslacyjnej. Białka gromadzą się w strukturach retikulum, co prowadzi do tego, że występują w nadmiarze, a siateczka nie jest w stanie usuwać ich poza obręb komórki. Taka sytuacja aktywuje cząsteczki zymogenu- kaspazy-12 (cząsteczka zymogenu kaspazy-12 jest to nieaktywna cząsteczka enzymu, która w trakcie aktywacji staje się enzymem czynnym). Prawdopodobnie SSS/SRE są odpowiedzialne za chorobę Alzheimera.

Omówiliśmy po krótcy i bez wnikania w głębsze szczegóły trzy główne procesy prowadzące do rozpoczęcia procesu apoptozy- dla przypomnienia, omówiliśmy proces w którym receptory śmierci na powierzchni komórki wyłapują sygnały ze środowiska i przekazują je do wnętrza komórki, omówiliśmy proces, którego prowodyrami są mitochondria i omówiliśmy proces w którym apoptoza jest następstwem stresu.

Kaspaza 1
Jak pewnie zauważyliście, wszystkie procesy w gruncie rzeczy prowadzą do aktywacji pewnej specyficznej grupy białek- kaspaz, którym chciałbym się teraz dokładniej przyjrzeć. Są one białkami odpowiedzialnymi za realizację fazy wykonawczej procesu apoptozy. Kaspazy są białkami należącymi to proteaz cysteinowych. Co to oznacza? Proteazy jest to podklasa białek z klasy hydrolaz. Białka będące proteazami mają za zadanie katalizować reakcję proteolizy, czyli hydrolitycznego rozpadu wiązania peptydowego. Ogólnie kaspazy można podzielić na aktywatory cytokinin (nie związane z naszym tematem), inicjatory apoptozy i efektory apoptozy.

W zdrowej komórce, kaspazy syntezowane są jako proenzymy (zymogeny) czyli cząsteczki, które nie mają zdolności katalitycznej- są tak jakby uśpione. W wyniku aktywacji (na drodze jednej z trzech omówionych wcześniej szlaków) prokaspazy „budzą się”. Gdy są już w pełni aktywne rozpoczynają cięcie wszystkiego co się da- czyli tną inne białka na drobne fragmenty. Przy okazji aktywują jeszcze inne kaspazy, które tylko potęgują efekt rozkładu. Po aktywacji kaspaz następuje degradacja cytoszkieletu oraz innych struktur komórki. Pośrednio kaspazy odpowiadają za szatkowanie materiału genetycznego w jądrze.

W momencie aktywacji kaspaz na drodze jednego ze szlaków rozpoczyna się faza wykonawcza i faza zniszczenia. W tym miejscu zbiegają się wszystkie ścieżki aktywujące samobójstwo komórki. W momencie, gdy kaspazy inicjujące aktywują kaspazy wykonawcze, nie ma już szans na zaprzestanie procesu apoptozy. Czas aktywacji w zależności od komórki może wynosić od kilku minut do kilku godzin, ale po przekroczeniu tego magicznego punktu nie ma już niczego, co mogłoby zatrzymać kaspazy wykonawcze. W pierwszej kolejności kaspazy dobierają się do białek cytoszkieletu, białek otoczki jądrowej , białek odpowiedzialnych za upakowanie przestrzenne DNA i jego naprawę, oraz za białka odpowiedzialne za porządek podczas procesów mitozy. Musimy zwrócić uwagę na to, że dezintegracja białek cytoszkieletu jest procesem wybiórczym i kaspazy „oszczędzają” włókna aktyny F i G, dzięki czemu możliwe jest uformowanie się ciałek apoptycznych.
Niezależnie od zapoczątkowania apoptozy, w wyniku działalności kaspaz zostają otwarte megakanały mitochondrialne co dodatkowo potęguje i przyspiesza proces apoptozy. Na chwilę przed tym jak enzymy dobiorą się do rozdrabniania jądrowego DNA, zostaje posiatkowane DNA w mitochondriach. Podczas pęcznienia mitochondriów z ich wnętrza uwalnia się białko AIF, które migruje do jądra i rozpoczyna tam proces kondensacji  chromatyny i defragmentacji DNA.

Jak pewnie zauważyliście, jednym z powtarzających się motywów w wyżej wymienionych szlakach inicjacji apoptozy, są kationy wapniowe. Są one niezbędne do procesów aktywacji niektórych enzymów odpowiedzialnych za cięcie DNA, oraz indukują one geny związane z wykonaniem samobójstwa.

W takim stadium komórka zostaje praktycznie całkowicie rozdrobniona od środka. Większość jej białek zostaje zdefragmentowana, materiał genetyczny pocięty, większość struktur przestaje istnieć, a organelle „psują się”. Komórka w efekcie dzieli się na tzw. ciałka apoptyczne,  wypełnione resztkami, które zostają pochłonięte przez komórki otaczające miejsce samobójstwa.



Podczas pisania tekstu korzystałem z:
Cytobiochemia  L. Kłyszejko- Stefanowicz
Biochemia Stryer
Biologia  Villie
Strukturalne podstawy biologii komórki  W. Kilarski

Dokładniejsze omówienie białek o których ja nie pisałem w tekście można znaleźć pod linkiem: http://www.phmd.pl/fulltxthtml.php?ICID=454171

Pamiętajcie o naszym zaprzyjaźnionym Antykwariacie! 


Zachęcam do komentowania!  Zapraszam również na naszą stronę na Facebook!  

czwartek, 14 marca 2013

Po co lunatykom Księżyc?


Z wielką radością już drugi raz na łamach Atom For The World gościmy Poyu! Jak on sam o sobie mówi: "Mam niecałe 27 lat, z wykształcenia biolog eksperymentalny, interesuję się generalnie wszystkim co mnie otacza, ze szczególnym uwzględnieniem szeroko pojętej biologii i chemii. Hmm to chyba tyle :)"

Ja ze swojej strony nie będę przedłużał, a jedyne co powiem to to, że tekst jest naprawdę godny przeczytania i zachęcam do lektury ;D

Oczywiście przypominam, że ostatnim razem Poyu napisał genialny artykuł Za co mały ślimaczek mógłby być wdzięczny swojej matce? który dosłownie wywołał burzę odwiedzinową na blogu, oraz falę komentarzy na Wykop- dziwię się, że żadne komentarze nie pojawiły się tutaj na blogu. Liczę, że teraz ktoś wda się w dyskusję z autorem, bo jestem głęboko przekonany, że Poyu z chęcią odpowie na każde pytania ;) Nowszym artykułem Poyu, który pojawił się na blogu z okazji urodzin bloga znajdziecie pod adresem: Skazani na wolne rodniki. Zachęcam do komentowania!  Zapraszam również na naszą stronę na Facebook!


Wielcy lunatycy nie potrzebują księżyca” (Stanisław Jerzy Lec)

Kiedyś wiązano nasiloną aktywność sennych wędrowców z fazami księżyca. Taki człowiek podczas pełni, zmieniać się miał w straszliwego i bezlitosnego... lunatyka. Z powodu braku dowodów potwierdzających księżycową tezę, powoli się z niej wycofano. Na tyle powoli, że nazwa się zdążyła jednak utrwalić w społeczeństwie. Obok niej, współwystępują jeszcze jej synonimiczne pochodne, takie jak: sennowłóctwo, czy somnambulizm. Chodzenie we śnie (ang. sleepwalking) jest od dawna znanym i jednocześnie bardzo tajemniczym oraz niezwykle fascynującym zjawiskiem, które spędza sen z powiek najbardziej żarliwym naukowcom. Mimo, iż istnieje wiele faktów, mitów, pseudo–przyczyn oraz hipotez na temat lunatyzmu, jego mechanizm do dziś pozostaje nieznany.

Kiedy dochodzi do lunatykowania?

Hipnogram
http://www.bangla.pl/foto/news/art92-foto1.jpg
Odpowiedź wydaje się prosta – wtedy gdy śpimy. Sen u osób dorosłych jest około 90–minutowym cyklem, w skład którego wchodzą dwie podstawowe fazy: non–REM (NREM) oraz REM (ang. Rapid EyeMovements – szybkie ruchy gałek ocznych), w której mamy marzenia senne. Ten pierwszy etap podzielony jest z kolei na 4 stadia (przez niektórych również nazywane fazami), różniące się między sobą przede wszystkim stopniem głębokości, czyli innymi słowy częstotliwością fal mózgowych. Dzięki badaniom polisomnograficznym, dowiedziono iż somnambulizm, jeśli występuje, jest to najczęściej trzecia lub czwarta faza NREM (snu głębokiego, wolnofalowego) w pierwszych godzinach od zaśnięcia. Można zarejestrować wtedy charakterystyczne fale mózgowe delta o najniższej częstotliwości (od około 0,5 do 3,5 Hz) oraz dużej amplitudzie, stąd nazwa dla tego okresu – sen wolnofalowy. Jest to ten czas w ciągu nocy, gdy już odpłynęliśmy swoją świadomością najdalej od rzeczywistości na jawie. A gdy już tam jesteśmy, możemy spotkać równie odjechane poglądy Zygmunta Freuda, który sugerował w 1907 roku, że istotą lunatyzmu jest pragnienie pójścia spać do miejsca, gdzie spaliśmy w dzieciństwie. A ponadto, że związane jest to ze spełnianiem naszych seksualnych marzeń...

A jak się to ma do dzisiejszej wiedzy na ten temat?

http://www.dw.de/image/0,,15956260_401,00.jpg
Diagnozę wyznacza się na podstawie kryteriów jednej z dwóch głównych klasyfikacji: Międzynarodowej Klasyfikacji Chorób (ICD–10; WHO, 1992) oraz Klasyfikacji Zaburzeń Psychicznych Amerykańskiego Towarzystwa Psychiatrycznego (DSM–IV–TR; APA, 2000).
Obecnie uważa się, że somnambulizm jest rezultatem nieprawidłowego (niepełnego) wybudzania się ze snu głębokiego, podczas fazy NREM. Dzieje się to na skutek braku równowagi pomiędzy dwoma przeciwstawnymi mózgowymi mechanizmami, odpowiedzialnym za indukowanie snu i wybudzanie z niego. W porównaniu do osób z grupy kontrolnej, u somnambulików zaobserwowano o 25% mniejszą aktywność kory kojarzeniowej w przedniej części płata ciemieniowego (związanej z wybudzaniem) oraz zwiększoną aktywność w układach łączących wzgórze i zakręt obręczy, związanej z indukowaniem snu (przeciwdziałanie wybudzania). Zaburzenie to ma charakter nieorganiczny, co oznacza że jak na razie nie stwierdzono związku z jakimkolwiek uszkodzeniem ośrodkowego układu nerwowego. Należy również do grupy zaburzeń o charakterze jakościowym (tzw. parasomni), charakteryzujących się występowaniem nieprawidłowych, epizodycznych lub okresowych zachowań podczas snu. Szczególnie często występuje u dzieci (15%), częściej u chłopców. Zazwyczaj zaczyna ustępować około 10 roku życia, zaś w okresie dojrzewania najczęściej ustaje całkowicie. U dzieci faza snu NREM jest znacznie wydłużona, w porównaniu do osób dorosłych. Nie można wykluczyć zatem, że z wiekiem, stopniowe ogólne spłycenie snu, powoduje również zanik lunatyzmu. Wśród osób dorosłych częstość występowania szacuje się na około 3%. Somnambulicznym epizodom towarzyszy często stan splątania świadomości, charakteryzujący się mamrotliwą mową, maskowym wyrazem twarzy oraz niską wrażliwością na bodźce z otoczenia. Percepcja jest w pewnym stopniu zaburzona, więc mimo celowości i skoordynowania działań podczas epizodów, wydają się być one w pewnym stopniu nieadekwatne do bodźców. Postrzeganie wzrokowe jest opóźnione, natomiast percepcja słuchowa oraz percepcja bólu, są w znacznym stopniu stłumione. Co ciekawe, w dużym stopniu zachowana jest orientacja przestrzenna, dzięki czemu somnambulik może przemieszczać się nawet na znaczne odległości. Może się to jednak skończyć dla niego tragicznie, ze względu owe zaburzenia percepcji.

Hipoteza serotoninowa

W 2005 roku wysnuto hipotezę, która miałaby wyjaśniać, w jaki sposób niedotlenienie mózgu, wywołane nocnymi zaburzeniami oddychania, miałoby prowadzić do somnambulizmu. Według autorów badania, główną rolę miałby odgrywać układ serotonergiczny mózgu, obejmujący struktury mózgowia odpowiedzialne za regulację stanu świadomości oraz wybudzania. Dowodem potwierdzającym ową hipotezę, miałaby być korelacja między częstością wyładowań neuronów serotonergicznych (ich depolaryzacji), a cyklem snu oraz czuwania. Wykazano bowiem, iż neurony te reagują na stężenia dwutlenku węgla we krwi. Prawdopodobny wydaje się więc scenariusz, że zaburzenia oddychania podwyższają poziom CO 2 we krwi, co z kolei pobudza układ serotonergiczny mózgu, którego aktywacja prowadzi do zaburzeń snu wolnofalowego, powodując w efekcie końcowych niepełne wybudzanie oraz złożoną aktywność motoryczną (nadzorowaną również przez ten układ), którą obserwuje się podczas epizodów somnambulicznych.

Hipoteza genetyczna (dziedziczna)

Interesujący był rezultat badań pewnej 4–pokoleniowej kaukaskiej rodziny, u kilku członków której stwierdzono występowanie lunatyzmu. Po analizie rodowodowej oraz genetycznej, ustalono iż zaburzenie to jawi się jako cecha dominująca o ograniczonej penetracji (częstości występowania). Badanie to, w pewnym uproszczeniu, polegało na pobraniu próbek śliny od 22 osób, wśród których było 9 somnambulików oraz 13 osób, u których tego nie stwierdzono. Przeprowadzono badania genetyczne, polegające na porównaniu poszczególnych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (ang. Single Nucleotide Polymorphism, w skrócie
SNP) z internetową bazą danych, dzięki czemu można było stwierdzić, w których rejonach genomu była większa zmienność genetyczna, której skutkiem mogłaby być np. obecność wadliwego wariantu danego genu (lub genów), ewentualnie zmiana struktury kodowanego białka, wpływająca na jego funkcję. Analiza wykazała 7 sąsiadujących ze sobą SNPs’ów na chromosomowym locus 20q12–q13.12, co jest dosyć rzadkie, a co było cechą wspólną osób lunatykujących w tej rodzinie. W zapisie locus: 20q12–q13.12, dwudziestka z przodu oznacza numer chromosomu, q – jego długie ramię, zaś dalsze cyfry odnoszą się do regionów na tym ramieniu. Wprawdzie jest to spory obszar, obejmujący 10 znanych genów oraz prawdopodobnie 18 kolejnych, których funkcji jeszcze nie znamy, ale i tak jest to duży krok naprzód. Pod warunkiem, jeśli SNPs’y te faktycznie mają związek z lunatyzmem. Z jednej strony potwierdziłoby się genetyczne podłoże tego zaburzenia, zaś z drugiej strony dalsze badania oraz identyfikacja genów, odpowiedzialnych za somnambulizm, przybliżyłyby naukowców do zrozumienia etiologii, późniejszej diagnostyki oraz odpowiedniego leczenia.

A co mają jakieś mutacje genetyczne do lunatykowania?

Może się okazać, że bardzo wiele. Poszczególne neurony w naszych mózgach wydzielają kombinację kilku neuroprzekaźników. To, czy następny neuron zostanie pobudzony, czy nie, zależy od tego jaki skład receptorów oraz ich budowę będzie miał. Poszczególne receptory odgrywają różną rolę w kontroli zachowania, zaś niektóre mutacje genetyczne oraz substancje psychoaktywne wywierają wpływ na dany receptor lub jego typ, co z kolei powoduje określone zmiany w zachowaniu. Być może zmiany genetyczne, które wykryto u kaukaskiej rodziny, wpływają właśnie w ten sposób na psychikę człowieka śpiącego, powodując somnambulizm? Są to jednak jak na razie tylko domysły.

Przeprowadzano również badania na znacznie większych próbach, które potwierdzały genetyczne podłoże somnambulizmu. W badaniu obejmującym 3000 par bliźniąt jednojajowych oraz dwujajowych, współczynnik zgodności występowania lunatyzmu pomiędzy rodzeństwem w okresie dziecięcym, wynosił odpowiednio: 0,55 oraz 0,35. Natomiast w wieku dorosłym, dla bliźniąt monozygotycznych wynosił już 0,32, a dla dizygotycznych 0,06. Gdzie „0” oznacza brak zgodności, zaś „1” pełną zgodność.

W niektórych badaniach obejmujących pojedyncze przypadki („case study”), zauważono że różne zaburzenia snu często współwystępują razem i są dziedziczone. Można by więc w pewnym uproszczeniu powiedzieć, że im więcej mamy w rodzinie osób z różnymi zaburzeniami snu, tym większe prawdopodobieństwo, że nasze dziecko będzie somnambulikiem. Ciekawe wydają się też ewentualne predyspozycje genetyczne. 35% somnambulików (w porównaniu do 15% z grupy kontrolnej) posiada allele genów: HLA–DQB1*05 oraz HLA–DQB1*04, kodujących białka MHC klasy II, odpowiedzialne za zgodność tkankową. Geny te znajdują się dla odmiany na chromosomie 6.

Lunatyzm VS inne czynniki

U niektórych osób ze sennowłóctwem zaobserwowano podwyższoną częstość występowania zaburzeń o charakterze lękowym oraz zaburzeń nastroju. Natomiast związek somnambulizmu z innymi zaburzeniami psychicznymi jest zbyt słabo udokumentowany. Stwierdzono za to istotnie zwiększoną częstość współwystępowania lunatyzmu oraz migrenowych bólów głowy wśród osób dorosłych oraz dzieci. Dodatnią korelację zauważono również w stosunku do: zaburzeń oddychania podczas snu, zespołu niespokojnych nóg, zespołu okresowych ruchów kończyn oraz zespołu bezdechu śródnocnego. Przypuszcza się, że współwystępowanie tych zaburzeń z somnambulizmem, przynajmniej częściowo związane jest ze wspólnymi patomechanizmami.

W innych jeszcze badaniach zauważono dodatnią korelację między występowaniem somnambulizmu, a zażywaniem narkotyków, stresem oraz niektórymi chorobami. Trudno jednak nazwać tę korelację związkiem przyczynowo–skutkowym, nie znając etiologii lunatyzmu. Przypuszczalnie jakiś wspólny mianownik jednak jest. Tym bardziej, że niektóre leki, zawierające m.in.: chlorowodorek tiorydazyny, wodzian chloralu, węglan litu, perfenazynę ...i kilka innych substancji, mogą wręcz nasilać lub wywoływać lunatykowanie.
Zaobserwowano również zwiększenie częstości występowania somnambulizmu podczas gorączki lub w wyniku deprywacji sennej.

Zależność różnych czynników z występowaniem lunatyzmu jest jednak bardziej złożona, niż się wydaje, o czym może świadczyć ogromna trudność wywołania epizodu somnambulicznego eksperymentalnie. Problemem badań nad somnambulizmem jest to, iż większość z nich jest typu: „studium przypadku”, lub jest przeprowadzana na zbyt małej próbie osób badanych. Ciężko więc poznać przyczyny tego zaburzenia, podczas gdy obejmuje ono stosunkowo niewielki odsetek populacji i gdy zazwyczaj nie występuje regularnie.

Jak zostać somnambulikiem kryminalistą?

Próbowano nawet zaklasyfikować somnambulizm do automatyzmów, co na pierwszy rzut oka wydaje się być zaskakujące i absurdalne. Ze względu na możliwość popełnienia zbrodni podczas lunatykowania, zapędzono się jednak moim zdaniem trochę za daleko, dzieląc popełnione przestępstwa na: „automatyzmy w stanie niepoczytalnym” (ang. „insane automatism”) oraz „automatyzmy w stanie poczytalnym” (ang. „non–insane automatism”), co mogłoby być przydatne później w sądzie. Osoba będąca na takim automatyzmie poczytalnym
byłaby uznana winną popełnionego czynu, zaś osoba na automatyzmie niepoczytalnym zostałaby uznana niewinną i skierowana do leczenia psychiatrycznego w oddziale zamkniętym. Oprócz zabójstwa podczas epizodu somnambulicznego, stwierdzono również takie czyny karalne, jak: napaść, gwałt oraz molestowanie seksualne. Można znaleźć również przykład kobiety, która uprawiała seks z nieznajomymi, co już nie jest karalne (no chyba, że brałaby jeszcze za to pieniądze). Czy to wszystko nie wydaje się trochę przerażające? Owszem. Raczej. Chyba. Ale...

Ciekawe, w jaki sposób stwierdzono/udowodniono przed sądem, że te osoby naprawdę lunatykowały, czy to nie byli przypadkiem po prostu nieźli cwaniacy. W jaki sposób lekarz sądowy – neurolog czy psycholog, mógł orzec z całą pewnością, że to był czyn popełniony podczas lunatykowania, skoro nadal tak mało wiadomo na ten temat? Uwierzono na słowo? Wykrywacz kłamstw?

Podczas różnych procesów sądowych, opierano się przede wszystkim na występowaniu tego zaburzenia u oskarżonego w przeszłości, jak również u członków jego rodziny, co jest dosyć naciągane. Trudno sobie jednak wyobrazić bardziej przekonujące dowody, przy obecnym stanie wiedzy na ten temat.

Jak można leczyć somnambulizm?

Leczenie jest bardzo zindywidualizowane i zależne od wieku pacjenta. Zalecana jest przede wszystkim higiena snu, polegająca na zasypianiu i wstawaniu o podobnych godzinach. Odradza się nadmiernego przebywania w łóżku, gdy się nie śpi. Po to, żeby kojarzyło nam się ono tylko ze snem i tylko do tego było przeznaczone. No... koniec końców, może nie tylko do tego... Wskazane jest również unikanie używek oraz innych środków psychoaktywnych. Trudne przypadki, czyli te zagrażające innym ludziom lub sobie, próbuje leczyć się farmakologicznie. Używa się do tego celu środków tłumiących sen wolnofalowy. Najczęściej są to benzodiazepiny (clonozepam, diazepam, triazolam, itp.) oraz trójpierścieniowe leki przeciwdepresyjne (imipraminy, dezipraminy, klomipraminy, itp.). Stosuje się też inhibitory wychwytu zwrotnego serotoniny w mózgu. Jeśli macie dziecko, które często lunatykuje, oprócz higieny snu, można zastosować u niego metodę tzw. budzenia antycypacyjnego (ang. anticipatory awakenings), polegającą na uprzednim zanotowaniu orientacyjnego czasu występowania epizodów somnambulicznych, a później budzeniu dziecka około 15–30 minut przed jego spodziewanym wystąpieniem, po czym położenie je z powrotem spać. Na koniec należy upewnić się, czy dziecko zasnęło.

Lunatyzm okiem lunatyka

http://img.gawkerassets.com/img/17hjkqgfk38axjpg/xlarge.jpg
Na koniec opowiem Wam historię pewnego bliskiego mi somnambulika. Chodzenie we śnie już od dawna wzbudzało jego ciekawość. Nie tylko dlatego, że to jest to fenomen bardzo intrygujący i dotychczas niezbyt zrozumiany, lecz dlatego że sam od dziecka lunatykował. Mimo swoich 26 lat nadal zdarza mu się chodzić we śnie, choć już znacznie rzadziej, niż to było w dzieciństwie. Sennowłóctwo występuje u niego zaledwie kilka razy w roku, co ciekawe – zawsze w okresie zimowym. Przypuszczalnie odziedziczył to po ojcu, który czasami z uśmiechem na twarzy opowiadał, że w dzieciństwie zdarzało mu się wychodzić we śnie na podwórko i chodzić boso po śniegu, nadal się nie budząc...

Najciekawsze jest jednak poczucie „misji”, jaką ma się wtedy do wykonania. Budząc się w trakcie nadal wiedział, co miał do zrobienia w tej misji. Miał więc pewne wątpliwości, czytając prasowe doniesienia o rzekomych zbrodniach dokonanych podczas lunatykowania, gdy oskarżeni zarzekali się, że nic nie pamiętają. Na czym polega więc ta misja? Przykładowo, ma się wewnętrzny nakaz: wyniesienia kołdry do ubikacji, wystawienia poduszki za okno, wyjście z mieszkania i zadzwonienia dzwonkiem do drzwi, etc. Jest to więc
zaledwie kilka połączonych ze sobą prostych czynności. Wszystko odbywa się niczym działanie automatyczne (wyuczone), szybko, oraz bez jakiejkolwiek analizy działania, typu: „po co?”, „dlaczego?”.

Mówił, że najłatwiej wybudzić go właśnie takimi pytaniami. A wyglądało to ostatnim razem mniej więcej tak:
– Ej, dlaczego ugniatasz w dłoni tą czekoladę?!
– Bo muszę ją wymieszać z trawą
– Ale po co?!
– No jak po co? Po to żeby... yyyy... hmm... (konsternacja i wybudzenie)

Oprócz dezorientacji nie czuł podczas wybudzenia nic szczególnego, więc tylko śmiał się z mitów, jakoby miało to być dla niego tak wielce niebezpieczne, jak mawiali specjaliści. Z poruszaniem się również nie miał specjalnych problemów, bo gdy się ma otwarte oczy, to wtedy zazwyczaj wszystko dobrze widać. No chyba, że jest wtedy ciemno (jak to w nocy), wtedy po prostu chodził „na pamięć”.

Uwaga! Historia o lunatyku, mimo iż prawdziwa, przedstawiona jest przeze mnie jako ciekawostka i ma jedynie charakter dowodu anegdotycznego, więc trudno powiedzieć czy ma to przełożenie na większość somnambulików, czy tylko na ich część.

Reasumując...

Nie ma jak na razie dostatecznie uargumentowanych badaniami naukowymi dowodów na to, jaka jest dokładna przyczyna lunatyzmu. Wydaje się, iż jest to zaburzenie o wieloczynnikowej etiologii. Ale kto wie co przyniosą kolejne lata badań...

Autor tekstu: Poyu.
_________________________________________________________________________________
Literatura:

„Biologiczne podstawy psychologii” – James W. Kalat




Zachęcam do komentowania!  Zapraszam również na naszą stronę na Facebook!  



piątek, 1 marca 2013

Dlaczego węgiel?


Chemia organiczna opiera się na związkach węgla. Jest to fakt, można powiedzieć dogmat naukowy. Każdy chemik to wie, zgadza się z tym i nie stara się tego nawet podważyć, bo tego (chyba) nawet nie da się podważyć. Ponieważ życie opiera się głownie na tym co dzieje się w chemii organicznej, oznacza to, że życie istnieje na fundamencie zbudowanym z węgla- kolejny dogmat. Zawsze mówi się o związkach węgla, o chemii węgla, że życie to reakcje związków węgla... ale rzadko mówi się, dlaczego akurat węgiel? Postanowiłem, że w pięciu krokach udowodnię, że nie ma innej możliwości.


Krok 0
Układ Okresowy- możemy przyjąć, że składa się już z 118 pierwiastków chemicznych. Wybór ogromny, biorąc pod uwagę, że my potrzebujemy jednego, głównego pierwiastka, który będzie stanowił trzon życia. Ponieważ życie, przynajmniej u Nas jest dość powszechnym zjawiskiem, danego pierwiastka, na którym życie będzie się opierać musi być odpowiednia ilość.  Musi być go dużo, ale też bez przesady. Ponieważ "dużo/mało" to pojęcia subiektywne, zaliczam je do kroku zerowego, czyli do momentu w którym mamy do dyspozycji cały Układ Okresowy. Dla naszej wygody przyjmiemy, że oficjalnie mamy do dyspozycji 118 pierwiastków, czyli można powiedzieć, że cały komplet.


Krok 1
Krok pierwszy. Trzon życia musi występować naturalnie w przyrodzie. Jak wiemy kilka pierwiastków nie występuje w przyrodzie, a zostały stworzone przez człowieka. Tymi nienaturalnymi pierwiastkami są wszystkie pierwiastki za uranem- ponieważ życie istniało na Ziemi, na długo przed tym jak człowiek miał okazję uzyskać sztuczne pierwiastki spokojnie możemy wykreślić z naszej układanki 26 pierwiastków, które z wyżej wymienionych powodów nie mogą zostać wzięte pod uwagę w typowaniu pierwiastka, który nadawałby się na ten najważniejszy z punktu widzenia życia.



Krok 2
Idziemy dalej. Pierwiastek, który wybierzemy musi być reaktywny. Spokojnie z naszej układanki wykreślamy cały rząd gazów szlachetnych- ponieważ jak wiadomo nie biorą one udziału w reakcjach chemicznych z tego prostego względu, że na swojej ostatniej powłoce mają tyle elektronów ile powinny mieć i nie potrzeba im ani więcej, ani mniej, stąd niechętnie wchodzą w jakiekolwiek reakcję chemiczne. Oczywiście człowiek jest istotą, której udało się zmusić niektóre gazy szlachetne do tworzenia związków, ale są to bardzo nietrwałe związki i bardzo ciężko je uzyskać. W naturze (chyba) tak się nie dzieję, a nawet jeśli jakimś cudem się tak stanie to jest to bardzo rzadkie zjawisko i nie sprzyjałoby ono w powstaniu i tym bardziej podtrzymywaniu procesów chemicznych, zachodzących w organizmach żywych.

Krok 3
Jak już wspomnieliśmy, nasz pierwiastek, który musimy wybrać musi tworzyć wiązania chemiczne. Na tym etapie wykreślamy grupę halogenowców i wodór. Robimy tak dlatego, że halogeny i wodór najczęściej tworzą pojedyncze wiązania. Jak wiemy, życie opiera się na bardzo, bardzo skomplikowanych związkach chemicznych, które są bardzo mocno rozbudowane. Rozbudowanie wymaga tworzenia kilku wiązań, żeby móc mówić o łańcuchach. Z tej prostej przyczyny, pierwiastki, które najchętniej tworzą jedno wiązanie mogą zostać wykreślone z listy, ponieważ nie da się zbudować długich łańcuchów z pierwiastków, które mogłyby się łączyć jedynie pojedynczymi wiązaniami.

Krok 4
Teraz nastąpi najbardziej drastyczne cięcie w naszej układance. Wykreślamy praktycznie większość pierwiastków, a mianowicie wszystkie metale. Jak już ustaliliśmy, nasz wybrany pierwiastek musi tworzyć wiązania i musi ich być więcej niż jedno. Oczywiście metale mogą tworzyć więcej niż jedno wiązanie chemiczne i myślę, że dałoby się je zmusić do tworzenia łańcuchów molekularnych... ale jak zwykle jest jedno "ale"- metale najchętniej tworzą pewien specyficzny typ wiązań chemicznych- wiązania jonowe. Jest to niekorzystne, ponieważ wiązania jonowe nie są "konkretne". Mam na myśli, że kationy i aniony zawarte w jonowej sieci krystalicznej tworzą wiązania tak jakby z wszystkimi pozostałymi kationami i anionami dookoła. Biorąc na przykład chlorek sodu, którego kationy sodu i aniony chloru potasowane są naprzemiennie w sieci krystalicznej, nie wiemy, który kation sodowy tworzy z którym konkretnie anionem chlorkowym wiązanie chemiczne... może z tym po prawej, po lewej, na górze, na dole, z przodu i z tyłu, albo z tym w kolejnym rzędzie. Oczywiście podstawowy budulec życia nie może być taki niekonkretny i wiązania, które tworzy muszą być konkretnie zlokalizowane i musi być konkretnie wiadomo, który atom z którym jest połączony. Nie trzeba oczywiście dodawać, że (prawie wszystkie) związki o budowie jonowej rozpuszczają się dobrze w wodzie... a życie przecież nie może się tak po prostu rozpuścić!

Krok 5
Idziemy dalej już do ostatniego kroku. Teraz zostało nam mało pierwiastków, ale ponieważ mówimy tutaj o podstawie i filarze życia, więc możemy sobie powybrzydzać. Ostatni etap zacznijmy od eliminacji gazów. W sumie to, że są to gazy, aż tak bardzo nie przeszkadza, ale biorąc pod uwagę trudność rozrywania wiązań między azotem, oraz to, że tlen dość łatwo wchodzi w reakcję chemiczne spokojnie możemy sobie je darować... są lepsi kandydaci. Zostały nam już tylko ciała stałe i musimy odnieść się do ich energii wiązań między sobą. Dobrze by było, żeby łańcuchy związków były mocno ze sobą zespolone, czyli, żeby atomy tworzące ten łańcuch mocno się siebie trzymały. Patrząc na energię wiązań tych samych atomów ze sobą widzimy, że węgiel z pozostałej gromadki tworzy najsilniejsze wiązania. Ponadto biorąc pod uwagę budowę atomu węgla, ma on możliwości tworzenia czterech wiązań międzyatomowych, zlokalizowanych w narożach czworościanu foremnego. Umożliwia to na łączenie się z czterema różnymi atomami i utrzymywanie ich na tyle daleko od siebie, że całość struktury jest stabilna, a z uwagi na fakt, że jeden atom węgla może tworzyć po cztery wiązania, mamy możliwość tworzenia całych wachlarzy najróżniejszych struktur. Trzeba również powiedzieć, że atom węgla jest dość towarzyskim atomem i ma możliwość tworzenia wiązań z najróżniejszymi atomami, co zwiększa możliwość struktur jakie mogą powstać...

Myślę, że węgiel jest najrozsądniejszym wyborem jeśli chodzi o podstawę chemii życia ;)

Pamiętajcie o naszym zaprzyjaźnionym Antykwariacie!


Zachęcam do komentowania!  Zapraszam również na naszą stronę na Facebook!  

piątek, 8 lutego 2013

Za co mały ślimaczek mógłby być wdzięczny swojej matce?

(Jest to pierwszy tekst autorstwa Poyu opublikowany z wielką przyjemnością na blogu. Inne teksty tego świetnego autora znajdziecie pod linkami: Skazani na wolne rodniki oraz Po co lunatykom Księżyc). Zachęcam do komentowania!  Zapraszam również na naszą stronę na Facebook!
Rys 1. Błotniarka jajowata (Radix balthica)[1]

Większość z was ma w swoich domach okazy ślimaczych muszli. To w łazienkach, to na półkach, to jeszcze gdzie indziej– nie wnikam. Wspaniale zdobią one wystrój pomieszczeń, zachwycając różnorodnością kształtów oraz kolorów. Oczywiście, jeśli w odróżnieniu ode mnie, macie gust do dekorowania. Jeśli nawet takowych muszli nie posiadacie, to na pewno jakieś widzieliście. Gdyby im się bliżej przyjrzeć, można zauważyć pewną prawidłowość. Patrząc od wierzchołka, niemal wszystkie skręcają się w prawą stronę. Przypadek? Jakaś zmowa? Odpowiednia struktura krystaliczna? Izomeria optyczna związków chemicznych? Wina rządów Tuska? Nic z tych rzeczy. Hmm, chociaż może trochę to ostatnie... Nie, jednak raczej nie.

A wracając do pytania tytułowego - młody ślimaczek wdzięczny powinien być przede wszystkim właśnie za kierunek skrętu swojej muszli. A dlaczego matce, dowiemy się za chwilę... Mimo, że po połowie genów dziedziczy od obojga rodziców, geny ślimaka-ojca nie mają w tym wypadku (i w tym pokoleniu) nic do powiedzenia. Decyduje o tym jedynie ślimak-matka, która puszy się w tym momencie z dumy. No chyba, że uległa samozapłodnieniu... Cwana bestia.


Jako, że przyroda lubi wyjątki, znaleźć można też inne, choć rzadsze, okazy muszli lewoskrętnych. Odpowiedzialny jest za to gen, którego przekazuje zarówno mama, jak i tata małego ślimaka (lub samozapłodniona ślimaczyca-feministka). Gen prawoskrętności muszli jest genem dominującym, zaś gen lewoskrętności jest genem słabszym, czyli recesywnym. Przyjmijmy, że mały ślimaczek ma muszlę lewoskrętną. Zupełnie jak jego matka. Ojciec zaś ma muszlę prawoskrętną.

A to maminsynek z tego ślimaczka! Mięczak pewnie jakiś.


„Ale zaraz!” – krzyknąłby średnio rozgarnięty gimnazjalista po lekcji biologii. Zgodnie z prawami Mendla i prawami logiki, mały powinien mieć muszlę prawoskrętną, skoro jest to gen dominujący. Teoretycznie odziedziczyłby więc tą cechę po ojcu...


W praktyce jest jednak nieco inaczej. Nie mamy w tym wypadku do czynienia z tradycyjnym dziedziczeniem chromosomalnym. Można by powiedzieć, że „Junior” dostaje ten program genetyczny jedynie w wersji demo. Normalnie, zanim uwidoczni się jakaś cecha zewnętrzna (fenotypowa), najpierw gen zapisany na chromosomie musi zostać przepisany na mRNA (transkrypcja), zaś później na jego podstawie powstają białka (translacja), które odpowiedzialne są za różne cechy organizmu, lub uruchamiają jeszcze inne programy genetyczne (inne transkypcje). Zazwyczaj to wszystko dzieje się w obrębie jednego organizmu. Żeby się dowiedzieć na czym dokładnie polega ten typ dziedziczenia nie-mendlowskiego (pozachromosomalnego), powodujący tzw. efekt matczyny, musimy się cofnąć do momentu poczęcia małego ślimaczka. A nawet jeszcze wcześniej.

Tak więc, „how it’s made?”

Rys.2.- objaśnienie pod tekstem.
Po połączeniu się obu gamet – plemnika z komórką jajową – powstaje zygota. Następnie zygota dzieli się (bruzdkowanie). Na tym etapie geny ojcowskie są nieaktywne. Zygota dzieląc się, korzysta z białek, które otrzymała w cytoplazmie komórki jajowej oraz z zawartego tam nagromadzonego mRNA. Podczas powstawania komórki jajowej (oogeneza), komórki opiekuńcze dostarczały do wewnątrz odpowiednie białka oraz mRNA, potrzebne właśnie na tę okazję. Wystarcza to jedynie na kilka podziałów, po czym aktywowane są geny zygotyczne. Na podstawie dostarczonego przez komórki opiekuńcze („nurse cells”) mRNA, powstają po zapłodnieniu kolejne białka (translacja), które albo mogą wchodzić w skład komórek (funkcja budulcowa), albo powodują uaktywnienie się tzw. genów matczynych, które m.in.: decydują gdzie jest przód a gdzie tył zarodka (u muszki owocowej – Drosophila melanogaster), determinują obecność pigmentu w ciele i oczach w okresie larwalnym (mklik mączny - Ephestia kuehniella), decydują o wielkości ciała (rozwielitka – Daphnia sp.) lub jak w omawianym przypadku – skrętność muszli naszego małego ślimaczka.


Ponieważ ślimak-matka ma muszlę lewoskrętną i jak wszystkie ślimaki jest organizmem diploidalnym, możemy być pewni, że ma dwie recesywne kopie (allele) genu lewoskrętności muszli. Nasz ślimaczek niestety jest jedynakiem. Natomiast jeśli miałby rodzeństwo, wszyscy mieliby muszle lewoskrętne – po mamusi. Ojciec jest znacznie bardziej  tajemniczy, bo może być albo heterozygotą, albo homozygotą dominującą, lub ostatecznie (o dziwo) homozygotą recesywną. Możemy domniemywać, że matka ojca naszego ślimaczka, czyli jego babka, miała przynajmniej jeden dominujący allel prawoskrętności. Była więc albo homozygotą dominującą albo heterozygotą. Inaczej ojciec też miałby muszlę lewoskrętną.

Komórka jajowa jest wprawdzie haploidalna, czyli posiada jedną kopię tego genu, jednakże komórki opiekuńcze ponieważ są diploidalne, dostarczają do komórki jajowej produkty z obu alleli. Jeśli są heterozygotyczne, do komórki jajowej dostaje się mRNA odpowiedzialne zarówno za lewo- jak i prawoskrętność. Wtedy wygrywa dominujący gen na prawoskrętność.

Rys.3.- objaśnienie pod tekstem. 

Ów matczyny gen, odpowiedzialny za prawo- lub lewoskrętność, zawiaduje orientacją wrzeciona podziałowego podczas procesu bruzdkowania. Sposobów bruzdkowania u różnych grup organizmów jest kilka i różnią się między sobą płaszczyznami, w jakich zorientowane są komórki po podziałach. U ślimaków (Gastropoda) komórki dzielą się spiralnie, zgodnie z ruchem wskazówek zegara (komórki podzielone w płaszczyźnie poziomej pochylone są względem siebie o 45 stopni). Asymetrię budowy ślimaki zawdzięczają dwóm procesom. Pierwszy polega na przemieszczeniu się daleko do przodu po prawej stronie ciała tzw. płaszczowego zespołu narządów, co powoduje wzmożony rozwój narządów z jednej strony ciała, jednocześnie hamując rozwój tych samych narządów po stronie przeciwnej ciała osobnika. Drugi proces polega na spiralnym skręceniu się worka trzewiowego. Komórki nabłonka zewnętrznego płaszcza zaś wykorzystują węglan wapnia zawarty w wodzie - tworząc muszlę.


Zdarza się, że w pewnych siedliskach pojawiają się gatunki, których przeważająca część osobników ma muszlę lewoskrętną. Dlaczego tak się dzieje?


Presja środowiska... Gdy pojawia się drapieżnik, którego np. aparat gębowy jest lepiej przystosowany do zabijania i jedzenia ślimaków o muszli prawoskrętnej, to mutacja lewoskrętności utrzymuje się w środowisku jako lepsze przystosowanie. Jest to jednak zmiana wtórna, jak np. zanik oczu u ryb głębinowych. Nie wyjaśnia to nadal celu występowania prawoskrętności jako tej cechy pierwotnej.


No i na koniec nasz mały ślimaczek zadumał się nad jeszcze jedną rzeczą: „dlaczego u nas ślimaków w ogóle
faworyzowana jest prawoskrętność?”

Rys. 4. Ślimak winniczek (Helix pomatia) [2]

Żeby odpowiedzieć na to pytanie, najpierw trzeba się bliżej przyjrzeć pochodzeniu asymetrii. Hipotez było wiele, ale najbardziej udokumentowaną oraz najbardziej prawdopodobną, jest teoria Naefa (1913 r.). Za przodków Gastropoda uznaje się ślimaki o muszli całkowicie dwubocznie symetrycznej. Takiej jaka występuje np. u łodzika (Nautilus). Uznaje się, że ów przodek podobnie jak łodzik, prowadził pływający tryb życia. Według Naefa przyczyną specyficznej cechy budowy współczesnych Gastropoda, była stopniowa zmiana z pływającego na pełzający tryb życia. Pomijając już fakt, że w toku ewolucji, ślimak w muszli na początkowych etapach rozwoju, nagle obraca się o 180 stopni – stworzonka te nadal były dwubocznie symetryczne. Dalsze przemiany ewolucyjne doprowadziły do powiększenia się nogi. Proporcjonalnie do niej powinna też wzrosnąć objętość muszli, która w razie niebezpieczeństwa powinna pomieścić zarówno nogę, jak i głowę ślimaka. Powiększenie objętości muszli, przy zachowaniu jej dotychczasowej średnicy, było zatem możliwe tylko przy jednoczesnym rozmieszczeniu jej skrętów w różnych płaszczyznach. Muszla przybrała więc kształt stożka, zaś jej wierzchołek coraz bardziej wysuwał się w prawo. Ponieważ powodowało to, że muszla znajdowała się w chwiejnym położeniu, w związku z czym coraz bardziej odchylała się ona do tyłu i ku górze, a jej ujście obracało się w prawo. Tak w ogromnym skrócie ewoluowały ślimaki do obecnej budowy anatomicznej.

Ale dlaczego stożek wysuwał się w prawo, a nie w lewo? Tego akurat (jeszcze) nie wiadomo. Przykro mi ślimaczku...

Autor tekstu: Poyu.

Objaśnienia rysunków 2 i 3:

Rys.2.- Transfer produktów genów z organizmu ślimaka heterozygotycznego (Dd), z komórek opiekuńczych "nurse cells") do przyszłej komórki jajowej. Dostarczane są zarówno mRNA, jak i gotowe białka. Produkty alleli d (kolor czerwony), zaś produkty alleli D - niebieskie.
Źródło: Concepts of Genetics, 1st Edition; Robert J Brooker

Rys.3.- Eksperyment pokazujący schemat dziedziczenia skrętności muszli. D – allel dominujący („dextral”, prawoskrętności muszli) oraz d – allel recesywny („sinistral” – lewoskrętności muszli).
Źródło: Concepts of Genetics, 1st Edition; Robert J Brooker
_________________________________________________________________________________

Źródła, z których korzystałem:

[1]-  http://www.crustahunter.com/radix-balthica-linnaeus-1758radix-labiata-rossmassler-1835/
[2]- http://www.naturephoto-cz.com/slimak-winniczek-picture_pl-1159.html

http://www.eplantscience.com/botanical_biotechnology_biology_chemistry/genetics/maternal_effects_and_cytoplasmic_inheritance/maternal_effects_and_cytoplasmic_inheritance.php

http://www.eplantscience.com/botanical_biotechnology_biology_chemistry/genetics/maternal_effects_and_cytoplasmic_inheritance/maternal_effects.php

http://highered.mcgraw-hill.com/sites/dl/free/0073525286/892647/sample_chapter.pdf

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK10074/#A1735

http://download.cell.com/pdf/PIIS0092867405012237.pdf?intermediate=true

http://books.google.pl/books?id=aKjlimevJxMC&printsec=frontcover&hl=pl#v=onepage&q&f=false

"Biologia rozwoju" - R.M. Twyman

"Zoologia bezkręgowców" - W. Dogiel



Pamiętajcie o naszym zaprzyjaźnionym Antykwariacie!


Zachęcam do komentowania!  Zapraszam również na naszą stronę na Facebook!  








środa, 6 lutego 2013

Pożądana współpraca!

                                                                                Uwaga!

Ponieważ koewolucja w przyrodzie jest korzystnym zjawiskiem, przynoszącym zyski obydwu gatunkom, redakcja AtomForTheWorld poszukuje wolnych, lub mniej wolnych gatunków gotowych do wspólnej koewolucji!
Wiem, że wśród czytelników jest bardzo wiele osób, piszących na różne tematy i w znacznej części napisane teksty trafiają (niestety) do szuflady. Redakcja AtomForTheWorld poszukuje takie osoby, które są gotowe do opublikowania swoich pracy na stronie bloga, pod własnym nazwiskiem!

Zasady są proste:

1. Temat dowolny- jeśli interesuje Cię ewolucja pszczoły bezżądłowej, mechanika upadku kanapki ze stołu, czy chemia linoleum, nie krępuj się!- każdy temat warty jest uwagi.

2. Objętość tekstu- nieistotna, ważne, że na temat!

3. Forma wypowiedzi- zależy jedynie od Ciebie! Jeśli prowadzisz własne badania i osiągasz ciekawe wyniki- opublikuj je- to zwiększa szansę na nowe możliwości. Jeśli interesuje Cię tematyka, która ogólnie nie robi na nikim wrażenia, a dla Ciebie jest całym światem- publikuj u Nas! Może znajdzie się jeszcze jedna pozytywnie zakręcona osoba na tym punkcie. 

Teksty po uzgodnieniu z Redakcją będą publikowane na stronie bloga pod nazwiskiem autora. Możliwe umieszczanie linków do własnych blogów i witryn internetowych. W momencie, gdy autor zdecyduje, że chciałby jednak usunąć tekst- nie ma problemu!

Zainteresowanych zachęcam do kontaktu na adres mailowy: tomaszplowucha@gmail.com !
Wszystko po to, aby blog był tworzony przez ludzi dla ludzi. Każdy temat jakim czytelnicy się interesują jest warty poświęconego mu czasu! Na tym polega rozwój i nauka. 

piątek, 25 stycznia 2013

Jak wygląda atom?



Atomy platyny.
Czas sesji zbliża się wielkimi krokami, a na blogu pustki. Korzystając z chwili wolnego czasu między zajęciami, uznałem, że to odpowiedni czas na nowy artykuł. Do napisania go skłonił mnie ostatni komentarz zamieszczony na stronie AtomForTheWorld na FB- nie będę go przytaczał, ale wymowa była swego rodzaju wyzwaniem- „jak wygląda jądro atomu?". Postanowiłem podjąć to wyzwanie i spróbować naszkicować współczesny obraz jądra atomowego, ale żeby nie było tak łatwo, postaram się przybliżyć wygląd całego atomu. Jest to zadanie co najmniej nie łatwe, biorąc pod uwagę, że żaden obecnie przyjęty model nie oddaje w 100% "obrazu" jadra atomowego, takim, jakie jest ono w swojej istocie. Najlepszą metodą byłoby odwoływanie się do fizyki kwantowej i jej zawiłych praw, ale myślę, że nie o to tutaj chodzi- ja raczej chciałbym w jakimś pewnym stopniu przybliżyć teorię fizyki kwantowej i przełożyć je na prostszy język, ale uprzedzam, że sporo stwierdzeń jakich użyję podczas pisania artykułu są moimi prywatnymi przemyśleniami i nie mogę gwarantować stuprocentowej zgodności z faktami przedstawianymi przez inne osoby. 

Pytanie, czy rozmiar ma znaczenie może wydawać się nam śmieszne, ale myślę, że mimo temu co się mówi, rozmiar ma ogromne znacznie, a przynajmniej jeśli mamy na myśli rozmiary jąder atomowych jak i całych atomów i ich otoczenia. Dlaczego atomy są takie małe? Pytanie, które niby jest poprawne, ale jednak po dłuższym zastanowieniu- przynajmniej dla mnie- traci ono sens, jeśli popatrzymy na atom w trochę młodszym i nowocześniejszym świetle niż tym, który obowiązywał bardzo, bardzo długo (za długo). W starym świetle fizyki newtonowskiej atom to kulka, we wnętrzu której kilka- kilkanaście bardzo małych kulek lata po określonych, kołowych orbitach dookoła zlepka kilku- kilkunastu większych kulek, które trzymają się siebie. Niby jest to poprawny opis, ale zdecydowanie jest on zbyt stary w świetle dzisiejszej wiedzy. Na szczęście fizyka newtonowska zaczyna coraz bardziej odczepiać się od świata cząstek i zawraca w stronę tematów, od których nigdy nie powinna się odrywać. Wracając do rozmiaru, na ogół pytając o wielkość atomów mówimy, że są one bardzo, bardzo, bardzo małe, jądra jeszcze mniejsze, a elektrony w sumie są prawie jak punktowe elementy całej układanki. Trzeba zdać sobie sprawę, że pojęcie „małe” jest tutaj subiektywne- to my, nasza świadomość i postrzeganie świata wywiera na nas wrażenie, że atomy są tak małe, że prawie nie ma mniejszych obiektów. Myślę, że aby „poprawnie zobaczyć atom w wyobraźni” trzeba go trochę powiększyć co pozwoli lepiej przyjrzeć się jego elementom. 

Patrząc na Układ Okresowy pierwiastków widzimy, że najlżejszym atomem jest wodór. Jest to subiektywnie bardzo mała i lekka cząstka. Jej waga to 1 unit, czyli masa równa  0,00000000000000000000000167g, a promień atomu wodoru to około 0,0000000000529177m. Napisałem, że są to subiektywnie małe wartości, ponieważ zależy to (moim zdaniem) od tego jak na wodór popatrzymy. Co prawda, gdybyśmy chcieli poukładać obok siebie, w jednym rzędzie atomy wodoru, które ściśle przylegałyby do siebie na długości równej długości równika Ziemskiego (40076000m), cała nasza konstrukcja zawierałaby w sobie około 757500000000000000 atomów wodoru (przy okazji, liczba atomów wodoru, które ułożone na długości równej długości równika, byłaby mniejsza od ilości 1 mola atomów wodoru) i ważyłaby niespełna 0,000001265025g [sic!]!. Jest to niewyobrażalnie mała i wielka liczba- wielka (ale nie na tyle wielka, aby była chociaż jednym molem) pod względem ilości obiektów, tak jakby swoich klonów poukładanych jeden obok drugiego, identycznych w swoich właściwościach fizyko-chemicznych, ale zarówno na tyle mała, że nie ważyłaby nawet 1 grama. Może trochę inny przykład, trochę bardziej realistyczny, a który możemy zaobserwować w domu (no może nie całkiem). 18ml wody zawiera w sobie 623000000000000000000000 cząsteczek wody. Łatwo można policzyć, że jedna szklanka wody (250ml) ma w sobie 8652777777777777777777777 cząsteczek wody, jedna na drugiej, obok siebie, a każda taka sama jak cząsteczka po lewej, albo po prawej, albo nad, czy pod. Dla ciekawostki w naszej szklance wody o objętości 250ml znajduje się około 1347784700588438906195 cząsteczek ciężkiej wody (co stanowi około 0,04g)- czyli wody zawierającej deuter zamiast protonu, którą szeroko stosuje się w reaktorach atomowych do spowalniania rozpędzonych neutronów wyzwalanych w reakcjach jądrowych. Gdybyśmy cząsteczka obok cząsteczki wody ułożyli kwadrat o grubości jednej warstwy cząsteczek, miałby on bok o długości około 588m, a jego powierzchnia wyniosłaby około 345744 metrów kwadratowych (czyli powierzchnia około 50 boisk piłkarskich). Nie bez powodu przytaczam tutaj te ogromne i zawrotnie małe liczby. Zmierzam tymi porównaniami w jednym kierunku- jeśli jedna szklanka wody o masie około 250gram -gdyby była rozlana w kwadracie o grubości pojedynczej cząsteczki wody- pokryłaby powierzchnię około 50 boisk piłkarskich- musi to oznaczać, że materia to w większości próżnia. 

To, że otaczający nas Wszechświat jest w około 99% pustką jest zadziwiającym faktem, ale wynika to z samej natury materii. Badania nad atomami, nad ich budową i działaniem trwały wiele lat i przeżywały swoje wielkie wzloty, jak i zatrważające porażki. Ostatecznie ustalono powszechnie akceptowaną wersję, że prawie cała masa atomu skupia się w niezwykle małym obszarze jądra atomu, a tylko bardzo niewielki odsetek masy atomu niosą na sobie elektrony krążące po orbitach elektronowych. Dowiedziono też, że w atomie jest bardzo dużo wolnego miejsca. W tym momencie, gdy przyglądamy się pojedynczemu atomowi, zauważamy, że jest to twór w sumie na pewno nie mały, a można powiedzieć, że jest to coś dość dużego (oczywiście przy zastosowaniu odpowiednich skali). Myślę, że spokojnie można powiedzieć, że atom wypełniony jest polami i można natrafić w odpowiednich miejscach na małe skupiska materii, czyli skondensowanej energii . Do pól w atomie zaraz wrócimy, a tymczasem chciałbym wejść trochę głębiej w atom- naszą prawdziwą podróż po atomie zaczniemy od jądra, a w sumie… jeszcze głębiej.

Nie wiem, czy zeszliśmy już dostatecznie nisko, ale wyobraźmy sobie, że widzimy przed sobą kwark1. Ta malutka cząsteczka należy do fermionów i posiada ładunek kolorowy (proszę się nie obawiać tych dziwnie brzmiących nazw, ponieważ później zajmiemy się tą tematyka). Kwarki występują trójkami i tworzą one protony i neutrony. Wnętrze protonu skrywa w sobie dwa kwarki górne i jeden dolny, a wnętrze neutronu skrywa w sobie dwa kwarki dolne i jeden górny. Mówi się, że proton to jednolita cząstka, obdarzona jednolicie rozłożonym ładunkiem dodatnim co jest nieprawdą. Doświadczenia wykazały, że cząstki elementarne takie jak elektrony odbijają się od protonów w najróżniejszych kierunkach. Jest to zadziwiające, ponieważ gdyby proton rzeczywiście był obdarzony jednolicie rozłożonym ładunkiem, niezależnie od zorientowania w przestrzeni protonu, elektrony powinny się odbijać od niego i rozpraszać, ale rozproszenia te zawierałyby w sobie bardzo niewielkie rozbieżności. W momencie, gdy okazało się, że elektrony rozpraszają się w losowych kierunkach i pod najróżniejszymi kątami, udało się potwierdzić, że proton (później dowiedziono podobne zjawisko w neutronach) ma swoją wewnętrzną strukturę, którą okazały się kwarki. Oczywiście to wszystko nie miałoby sensu, gdyby nie istniał klej spajający ze sobą kwarki- bardzo szybko znaleziono owy "klej" i okazały się nim kolejne cząstki, gluony. Nie wiem czy jest sens mówić o rozmiarach kwarków- są to cząstki punktowe, czyli takie, których rozmiar dąży do zera. Wydaje się to niewyobrażalne, ale można to przetłumaczyć na język zwyczajny jako coś w rodzaju „kwarki są tak małe, że praktycznie ich nie ma, ale jednak są”. Trzy cząstki punktowe oddziałują na siebie poprzez wymianę gluonów. Gluony są cząstkami bez masy, które przenoszą na sobie jedynie ładunek kolorowy, odpowiedzialny za powstanie pola sił kolorowych, czyli wymieniane gluony między kwarkami można uznać za małe porcję skondensowanej energii o określonych właściwościach, które tworzą w przestrzeni pole Yanga- Millsa. Teraz przetłumaczę to co przed chwilą przeczytaliście. Kwarki występują zawsze w obecności innych kwarków- nie istnieją kwarki niezwiązane z innymi kwarkami. W protonach i neutronach są po trzy kwarki. Ponieważ nic nie trzyma się we Wszechświecie na ‘ojcze nasz’ kwarki, aby utrzymywać się przy sobie wymieniają między sobą energię, która spaja je ze sobą. Energią tą są cząstki bez masy i bez rozmiaru- gluony. Nie mają one praktycznie żadnych właściwości, oprócz tego, że energia w nich zawarta jest energią charakteryzującą się tym, że przenosi ona ładunek kolorowy (i częściowo ładunek elektryczny o czym później). Można w sumie uznać, że ta energia jest ładunkiem kolorowym, a ładunek kolorowy jest w pewnym sensie energią. Ponieważ kwarki nieustannie wymieniają między sobą gluony, roztacza się w przestrzeni dookoła kwarków specyficzne miejsce, które nazywamy polem sił kolorowych- inaczej polem sił Yanga- Millsa. W stanie ‘zwykłym’ w przestrzeni przenoszone są gluony o określonej energii, które utrzymują kwarki w miarę stałych od siebie odległościach. W momencie, gdy chcemy rozsunąć od siebie kwarki muszą one wysyłać coraz to bardziej energetyczne gluony, które indukują powstanie jeszcze bardziej silnego pola kolorowego wewnątrz protonu. Jest to jedna z przyczyn, dla których nie można wyizolować pojedynczych kwarków- im bardziej chcemy je rozsunąć, tym silniej one oddziaływają ze sobą, co skutkuje tym, że próbowanie rozszczepienia kwarków za pomocą ogromnych ilości energii prowadzi jedynie do powstania kolejnych kwarków, ponieważ energia użyta do rozłupania trójki kwarkowej ‘wykrystalizowuje’ z otoczenia jako kolejne kwarki.  Trzeba dodać jeszcze, że jednemu kwarkowi nie można przypisać stałego ładunku koloru. Ponieważ kwarki cały czas ze sobą oddziałują poprzez wymianę gluonów, wynika z tego fakt, że cały czas kwarki wewnątrz protonów zmieniają swoje ładunki koloru, ale sama struktura trójki kwarkowej się nie zmienia tylko dlatego, że jeśli jeden kwark wyśle za dużo energii stanie się kwarkiem o innym kolorze, ale kwark, który otrzyma energię z lekkim nadmiarem, również zmieni kolor o odpowiednią wartość, ale suma summarum ładunek całości tej konstrukcji pozostaje taki sam, zgodnie z zasadą zachowania ładunku/ energii. 

Wiemy już, że kwarki posiadają głównie ładunek kolorowy, odpowiedzialny za ich trzymanie się razem. Oprócz ładunku kolorowego, kwarki posiadają cząstkowy ładunek elektryczny- cząstkowy mówię dlatego, że ładunek, który uważamy za elementarny, czyli niepodzielny w zwyczajnych doświadczeniach, obserwacjach itp. Przypisywany jest protonowi, ale proton posiada ten ładunek tylko dlatego, że budują go trzy kwarki z których każdy ma na sobie jakąś określoną część ładunku elektrycznego. Jak już wcześniej podałem, ładunek elektryczny nie jest rozłożony wewnątrz protonu równomiernie. Co do tego, czy ładunek ten jest równomierny wewnątrz kwarków nie jestem w stanie odpowiedzieć, z tego co wiemy kwarki są obecnie najmniejszymi składowymi budującymi cząstki takie jak protony i neutrony (chyba, że weźmie się pod uwagę teorię strun, ale nie będziemy się tu tym zajmować). 

Ponieważ z grubsza powiedzieliśmy sobie co tkwi wewnątrz protonów i neutronów zajmijmy się tym, jak te cząstki oddziałują na siebie, że jądro atomu jest (prawie zawsze) stabilne. Okazuje się, co jest całkiem logiczne, że protony w jądrze odpychają się siłami elektrostatycznymi. Teoretycznie powinno to powodować dosłowną eksplozję jąder atomowych, ale na szczęście tak nie jest, dzięki czemu cokolwiek może istnieć. Okazuje się również, co już nie jest takie oczywiste, że siły spajające kwarki wewnątrz protonów i neutronów, spaja te cząstki również ze sobą wewnątrz jądra. Mimo tego, że siły te są najsilniejsze między kwarkami, są w stanie oddziaływać na odległości mniej więcej równe wielkości jądra atomowego, ale tylko do pewnego momentu. Gdy w jądrze pojawia się za dużo protonów, jądro danego atomu staje się tak duże, że nie są w stanie działać siły spajające nukleony ze sobą i zaczynają przeważać siły odpychania elektrostatycznego, co skutkuje tym, że jądra zaczynają się rozpadać na mniejsze. Myślę, że możemy zahaczyć tutaj o jeszcze jeden temat- prawie zawsze w jądrze atomowym jest znacznie więcej neutronów nad protonami. Jest to szczególnie widoczne dla pierwiastków powyżej wapnia i z tego co widzę, patrząc na Układ Okresowy, przewaga neutronów nad protonami powoli rośnie i tak jak np. w skandzie (pierwszym pierwiastku po wapniu) w jądrze występują jedynie 3 neutrony więcej niż jest tam protonów, to już w żelazie neutronów tych jest 30 więcej, w rtęci jest to już 121 neutronów więcej, a dla bardzo ciężkich jąder tj. jądra ununbium (obecnie używa się nazwy copernicum) przewaga neutronów nad protonami wynosi aż 165. Myślę, że przewaga neutronów nad protonami w jądrze wynika z faktu, że im więcej protonów- tym silniej się one od siebie odpychają i potrzeba coraz więcej neutronów, które pomagałyby całą konstrukcję utrzymać w ryzach. Jednocześnie widać, że w jądrach ultraciężkich atomów tj. wyżej wspomniany copernicum posiada tak duże jądro, że mimo posiadania ogromnej ilości neutronów, nie są one w stanie utrzymać całego jądra i bardzo szybko się ono rozpada. 

Powszechna jest opinia, że jądra są stabilne, nie oddziałują praktycznie ze światem zewnętrznym, a składowe jądra są względem siebie nieruchome. Jest to opinia błędna. Wobec najnowszych metod badawczych wiemy obecnie, że jądra są bardzo ruchliwe. Protony, podobnie jak neutrony mogą migrować wewnątrz jądra i przemieszczać się w jego obrębie. Wiemy obecnie, że lekkie pierwiastki mają jądra w przybliżeniu koliste, natomiast pierwiastki ciężkie posiadają jądra elipsoidalne. Owe ruchy tłumaczą to, że jądra posiadają swój własny, magnetyczny moment spinowy. Wynika on ze zjawiska właśnie ruchów składowych jądra, oraz ich wewnętrznych spinów. Jądro jako całość również wiruje i drga w przestrzeni. Okazuje się również, że jądro może przyjmować i emitować energię w postaci fotonów. Podobnie jak elektrony na powłokach, jądro może przejść w chwilowy stan wzbudzenia, który powróci do stanu podstawowego, gdy jądro odda energię w postaci fotonu. 

Myślę, że ciężko jest opisać jądro atomowe, a tym bardziej ciężko jest sobie je wyobrazić. Jak dla mnie jądro jest jednym wielkim tworem, powiązanym ze sobą skomplikowanymi oddziaływaniami. Jest to twór, który nie jest statyczny- zmienia się, obraca się, wiruję, a składowe zmieniają miejsca i nie są na stałe przylepione do siebie. Staram się wyobrażać jądro jak wirującą kulkę energii, która roztacza dookoła siebie pole elektryczne, która posiada swój wewnętrzny kręt- bardzo prosto mówiąc obraca się w określonych kierunkach. Oczywiście jądro też może się rozprysnąć- albo na skutek zderzeń z wysokoenergetycznymi cząstkami subatomowymi, albo na skutek zastosowania wysokoenergetycznego promieniowania, które oddziela od siebie cząstki składowe, a gdy znajdą się w odpowiedniej odległości od siebie zanikają oddziaływania jądrowe i jedynymi oddziaływaniami są siły odpychania elektrostatycznego między protonami i jądro rozpierzcha się wyzwalając przy tym ogromne ilości energii, która jest jak gdyby ukryta w wiązaniach między protonami i neutronami. Jak powszechnie wiadomo jądro atomowe waży mniej, niż protony i neutrony je tworzące ustawione obok siebie i nie oddziaływujące na siebie żadnymi siłami. Nazywa się to defektem masy jądra atomowego i wynika to właśnie z faktu, że energia, która utrzymuje jądro w całości jest tak silna, że praktycznie ma ona masę. Bardzo ciężko jest to sobie uzmysłowić i wyobrazić (jeśli w ogóle się da), ale jest to kluczowa sprawa, która pomaga nam zrozumieć, dlaczego jądro atomowe jest tak trudno dostępne i dlaczego na ogół w chemii pomija się właściwości jądra i skupia na czymś zupełnie innym.

Chemia nie skupia się na jądrach atomowych. Chemików uczy się jego budowy i funkcjonowania, ale na ogół w chemii nie ma się bezpośredniego "kontaktu" z wnętrzami atomów. Chemicy pracują z elektronami. Elektron jak dla mnie jest to jedna z najbardziej kontrowersyjnych, egzotycznych i nadal słabo poznanych cząsteczek/ nie cząsteczek subatomowych. Z tego co obecnie wiemy elektrony są to cząstki o znikomej masie i elementarnym ładunku ujemnym. Z tego co do niedawna wiedzieliśmy elektrony nie mają wewnętrznej budowy tak jak protony i neutrony. Jest to o tyle nietypowe, że proton zbudowany jest jak już sobie powiedzieliśmy z trzech kwarków, z których każdy ma część ładunku elementarnego protonu. Sądzono, że elektron nie posiada wewnętrznej budowy, ale samotnie unosi ze sobą równowartość ładunku elementarnego protonu, jedynie z przeciwnym znakiem. Obecnie naucza się (co jest dla mnie paradoksem), że elektrony są niepodzielne. 

W 2012 roku szwajcarscy i niemieccy badacze po raz pierwszy zarejestrowali rozpad elektronu na mniejsze, quasi- cząstki, z których każda przejęła jakąś część własności elektronu. Naukowcy zaobserwowali, że wzbudzone elektrony miedziowca rozpadały się na dwie cząsteczki- spinon i orbiton. Są to nowo poznane cząsteczki i obecnie postuluje się, że spinon ‘zabrał’ ze sobą spin elektronu, natomiast orbiton zachował moment orbitalny elektronu. Są to bardzo ważne własności elektronu, ponieważ to głównie one "rządzą" elektronem oraz jego ruchem. Trzeba pamiętać, że podobne eksperymenty przeprowadzano w 1996 roku, z tym, że w tamtym roku udało rozbić się elektron na holon i  spinon- w 2012 roku do tych dwóch quasi- cząstek dołączył również orbiton. Może te trzy cząstki budujące wnętrze elektronu są odpowiednikami kwarków w protonach i neutronach?

Zanim przejdę do omówienia roli elektronu w atomie, chciałbym się jeszcze zatrzymać w temacie oddziaływań między elektronami, co ułatwi nam dalsze rozwiązania. Pozwolę sobie porównać elektron z fotonem. Fotony są częściowo cząsteczkami, a częściowo falami- podobnie jak elektrony. Fotony jak pewnie większość wie przenoszą oddziaływania elektromagnetyczne z prędkością światła. Ponieważ są praktycznie obojętne mogą przebywać obok siebie i "nie przeszkadza im" obecność innych fotonów w pobliżu. Elektrony nie są już tak towarzyskie. Dawniej sądzono, że elektrony odpychają się tylko dlatego, że mają ujemne znaki, a jak wiadomo dwa jednoimienne znaki się odpychają. Mówiąc "znaki" mam na myśli ładunki. Dzisiaj wiemy, że elektrony odpychają się nie tylko dlatego, że mają ten sam ładunek, ale zależy to w dużej mierze od przekazywania sobie fotonów. Dwa elektrony zgodnie z zakazem Pauliego nie mogą być w tym samym miejscu, mieć tę samą energię i mieć ten sam spin. Gdy tak się dzieje, elektrony wymieniają między sobą fotony dzięki czemu odpychają się zachowując tym samym zgodność z zakazem Pauliego. Wyjaśnia to fakt, dlaczego elektrony w atomie nie mogą zajmować tych samych pozycji. 

Na początku nauki chemii mówi się, że elektrony w atomie krążą sobie dookoła jądra atomu. Nie wdając się w szczegóły dzieci dowiadują się, że są tak jakby dwie grupy elektronów- te mało znaczące ‘rdzeniowe’ i te dzięki którym tworzą się wiązania chemiczne ‘walencyjne’. Na tym etapie mniej więcej kończy się wiedza z gimnazjum, a w wielu przypadków całkowita wiedza na temat elektronów. W liceum jeśli ktoś chce, ma szanse dowiedzieć się, że atom posiada orbity w przybliżeniu kołowe, z których każda różni się energią od innej i na każdej są tak jakby ‘boksy’ w których przebywają po dwa elektrony o przeciwnych spinach, koniec, kropka. Na tym etapie poprzestaje znaczna część osób, a dalsza wiedza zarezerwowana jest albo dla bardzo dociekliwych, albo dla studentów chemii. Dopiero od tego etapu zaczyna robić się ciekawie, ale i ciężko. Bohr stworzył koncepcję polegającą na tym, że elektrony krążą po odpowiednio wyznaczonych orbitach stacjonarnych dookoła jądra i gdy nic się nie dzieje one po prostu krążą i nie oddają, ani nie przyjmują energii. Gdy coś się dzieje (atom zostaje wzbudzony) elektron pobiera z otoczenia energię, albo w postaci fotonu o określonej długości fali, albo przez ogrzanie próbki. Elektron, który dostał energetycznego kopa przeskakuje na wyższą orbitę i sam uzyskuje nadwyżkę energii. Stan ten jest wzbudzony i nie może tak trwać w nieskończoność, ponieważ natura działa w taki, a nie inny sposób, że dąży do posiadania jak najniższej energii. Wobec tego, że wzbudzony elektron ma za dużo energii jest on niewygodny dla atomu i po chwili wraca z powrotem na swoją podstawową orbitę. Nadwyżka energii jaką elektron posiadał na orbicie wyższej zostaje wyemitowana do otoczenia jako foton o określonej długości fali. Oczywiście ten model jest zbyt prosty, bo natura wbrew temu co mówi część naukowców wcale nie jest prosta i po czasie powstał nowy model atomu Schrödingera. Orbity Bohra pozostały na swoich miejscach, ale dołączyły do nich podorbity i orbitale. Wyjaśnijmy to sobie. Aby mówić o elektronie musimy podać jego charakterystyczny opis kwantowy przez podanie pięciu liczb kwantowych. Zgodnie z zakazem Pauliego w atomie nie mogą występować elektrony, których konfiguracja liczb kwantowych byłaby taka sama. Pierwszą, podstawową liczbą jest główna liczba kwantowa. W teorii opisuje ona energię elektronu, ale dla uproszczenia i większego zwizualizowania czym jest ta liczba, przyjmuje się, że mówi ona o numerze orbity, na którym dany elektron występuje. Jeśli elektron jest na orbicie najbliżej jądra, oznacza to, że jest na orbicie 1, jeśli jest na następnej, oznacza, że jest na orbicie 2. Teoretycznie można tak iść w nieskończoność, w praktyce Układ Okresowy kończy się na tym, że w najcięższych pierwiastkach elektrony są rozmieszczone na 7 orbitach. Oczywiście na każdej orbicie może przebywać tylko określona ilość elektronów, np. na pierwszej mogą występować jedynie dwa elektrony, na drugiej może być ich już 8, na trzeciej 18, na czwartej 32, piątej 50, na szóstej 72 i na siódmej 98. To ile elektronów może zawierać każda z powłok określa ilość podpowłok wchodzących w skład powłoki. Każda powłoka zawiera w sobie kilka mniejszych podpowłok, których ilość określona jest przez poboczną liczbę kwantową. I tak jak np. najbliższa powłoka jądra zawiera w sobie tylko jedną po powłokę- s, to następna, druga orbita zawiera w sobie już dwie podpowłoki- s i p, trzecia zawiera w sobie podpowłoki s, p i d, a czwarta s, p, d i f, piąta zawiera w sobie s, p ,d ,f i g i tak dalej. W normalnych warunkach rozpatruje się zwykle pierwiastki o podpowłokach przeważnie do p, czasami zdarza się, że mówimy o pierwiastkach d, ale bardzo rzadko mówi się o innych podpowłokach. Dzieje się tak dlatego, że każda podpołwoka ma swój specyficzny kształt. Podpowłoka s ma kształt sferyczny. Niezależnie od tego, czy dana podpowłoka s należy do orbity pierwszej, drugiej, trzeciej itp. Zawsze ma kształt kulisty, ale coraz to większy rozmiar. Podpowłoka p składa się w sumie z 3 podpodpowłok. Ponieważ wszystko to zorientowane jest w przestrzeni, mówi się ogólnie o podpowłoce p, ale trzeba pamiętać, że w sumie są jej trzy rodzaje. Pojedynczy rodzaj podpowłoki p ma kształt hantli, albo kształt ósemki rozciągniętej na jednej z osi układu współrzędnego. I tak jak np. podpowłoka p rozciąga się w przestrzeni jedynie wzdłuż osi x mówimy o podpowłoce px, jeśli rozciąga się wzdłuż osi y, albo z mówimy odpowiednio o podpowłokach py i pz. Dalsze podpowłoki mają bardzo skomplikowane kształty. To dlaczego każda z podpowłok ma swoje podpodpowłoki wynika z faktu, że na jednym orbitalu mogą przebywać jedynie dwa elektrony, pod warunkiem, że mają przeciwne spiny- określa to magnetyczna spinowa liczba kwantowa i w uproszczeniu mówi ona w którą stronę kręci się elektron. Jeśli na jednym orbitalu znajdują się elektrony z których każdy kręci się w przeciwną stronę, stan ten jest odpowiedni i taki zostaje. Ponieważ na każdej podpodpowłoce mogą być jedynie po dwa orbitale, podpodpowłok w powłoce musi być taka ilość, aby zmieściło się na niej odpowiednio duże elektronów. I tak jak na przykład na pierwszej orbicie mamy do czynienia z podpowłoką jedynie s wiemy, że znajdują się tam jedynie dwa elektrony. Jeśli mówimy, że mamy do czynienia z orbitą drugą, mamy do czynienia z dwoma typami podpowłok- s i p. Ponieważ podpowłoka p dzieli się na trzy podpodpowłoki, a na każdej z podpodpowłok są jedynie po dwa elektrony, cała podpowłoka p może zmieścić jedynie sześć elektronów. Ponieważ wiemy, że na drugiej orbicie jest maksymalnie osiem elektronów, pozostałe dwa są umieszczone znowu na podpowłoce s, ale tym razem ta podpowłoka ma większy rozmiar i nie należy do pierwszej orbity, ale do drugiej tak jak opisane przed chwilą podpowłoka p. Nie będę się tutaj rozwodził jak to się dzieje na kolejnych podpowłokach, ponieważ zasada jest dokładnie taka sama, a z uwagi, że orbita 3 i wyższe zawierają w sobie podpowłoki s, p i d (a wyżej i podpowłoki f) byłoby ciężko opisywać każdy elektron. Dla ciekawskich napomknę, że na podpowłoce d mieści się dziesięć elektronów, a ponieważ wiemy, że orbita trzecia mieście w sobie osiemnaście elektronów, pozostałe elektrony są umieszczone w podpowłoce s i p należącej do trzeciej orbity. 

Na początku drogi związanej ze znajomością rozmieszczeń elektronów na odpowiednich miejscach w atomie każdy ma wątpliwości o co w tym wszystkim chodzi. Zrozumienie tego przychodzi z czasem i bardzo często zdarza się tak, że mimo, że myślimy, że w końcu to pojęliśmy, to tak naprawdę cały czas albo o czymś zapominaliśmy, albo myśleliśmy o czymś w innym sensie niż jest w rzeczywistości. Podobnie było z elektronami. Przez większość czasu myśleliśmy, że są to kuleczki krążące w odpowiednich miejscach. Często zdarza się tak, że ludzie mimo znajomości konfiguracji elektronowych pierwiastków (czyli opisu jaki elektron jest na jakiej powłoce, podpowłoce itp.) dalej myślą o elektronach jako o kulkach, a o orbitalach jako o miejscach dookoła jądra atomowego w których krąży elektron. Jest to duży błąd. Pojęcie orbitalu jest dość abstrakcyjne i wymaga pewnej wprawy wyobraźni, oraz dużej wiedzy matematycznej, aby w pełni oddać to o czym właśnie mówiliśmy. Definicja głosi: „orbital to funkcja falowa będącą rozwiązaniem równania Schrödingera” czyli „orbital jest funkcją falową jednego elektronu, której kwadrat modułu (zgodnie z interpretacją Maxa Borna) określa gęstość prawdopodobieństwa napotkania elektronu w danym punkcie przestrzeni”2. Brzmi to strasznie, ale w sumie nie jest takie trudne jak się z początku wydaje. Postarajmy się to zrozumieć w języku znacznie prostszym z pominięciem ciężkiej matematyki. „Orbital jest funkcją falową jednego elektronu…”- tak zaczyna się definicja i zacznijmy od tego, czym jest funkcja falowa. Funkcja falowa jest to w uproszczeniu pewien matematyczny opis, który mówi o cząstce- fali (dualizm korpuskularno- falowy), a dokładniej określa jej położenie, prędkość, częstotliwość itp. Sama funkcja falowa jako taka nie ma fizycznego sensu, ponieważ jest to funkcja zespolona, czyli używa ona w swoim opisie liczb zespolonych, które używają jednostki urojonej. Jednostka urojona jest czysto abstrakcyjnym pojęciem, które pomaga nam zrozumieć pewne problemy. Dopiero kwadrat moduły funkcji falowej ma sens fizyczny (mówi o tym dalsza część definicji). Kwadratem funkcji falowej jest inaczej prawdopodobieństwo znalezienia elektronu w pewnym obszarze w przestrzeni- innymi słowy, kwadrat funkcji falowej jest tak jakby kształtem orbitalu w jakim porusza się elektron. Ponieważ jest to tylko funkcja prawdopodobieństwa, oznacza to, że elektron może być w danym obszarze, ale nie koniecznie musi tam być. Jeśli wiemy, że orbital s jest sferyczny, oznacza to, że elektrony orbitalu s są najczęściej w jego obszarze, ale równie dobrze mogą być w zupełnie innym miejscu, a zgodnie z mechaniką kwantową może ich w ogóle tam nie być, albo będą w kilku miejscach naraz. Jak widzimy, elektrony nie są tylko cząsteczkami, które latają chaotycznie dookoła jądra, ale w gruncie rzeczy są falami, układającymi się w charakterystyczne funkcje prawdopodobieństwa, które oddziałują (przyciągająco) z jądrem, ale (odpychająco) też z innymi elektronami tego samego atomu jak i innych. Na zakończenie omawiania budowy uproszczonej atomu, chciałbym napomknąć na temat ekranowania jądra atomowego. Dotyczy to przesłaniania sobie nawzajem jądra atomu przez elektrony na odpowiednich orbitach. 

Jądro atomu roztacza w przestrzeni pole elektrostatyczne, które działa na elektrony przyciągająco. Jak to zwykle bywa jeśli coś przyciąga to wszyscy chcą być jak najbliżej, ale im bliżej tym mniej miejsc. Tak samo jest z atomem. Najbliżej jądra mogą być jedynie dwa elektrony, którym nikt nie przeszkadza. Elektrony z dalszych powłok chcą również być bardzo blisko jądra, ale uniemożliwiają im tak jakby elektrony, które już są obok tego jądro. Tak jak widzowie w kinie- ci siedzący przed nami zwykle zasłaniają nam ekran- tak samo w atomie, elektrony blisko jądra zasłaniają je przed tymi dalszymi, co wpływa na właściwości pierwiastków. Niektóre elektrony są tak bardzo słabo związane z jądrem (ponieważ cała reszta bardzo mocno to jądro zasłania), że mogą one być wybite z pomocą niezbyt wysokoenergetycznego promieniowania, jak to ma miejsce np. w cezie. Efekt ten znany jest jako efekt fotoelektryczny opisany przez Einsteina.   

Z początku chciałem objaśnić mechanizmy (oczywiście uproszczone) tworzenia wiązań między atomami, ale myślę, że będzie to temat na osobny artykuł, ponieważ w tym chciałem skupić się głownie na atomie. Ponieważ jest to jedynie dość krótki artykuł dotyczący budowy atomu, jest oczywiste, że nie dałem rady pokazać atomu takim jaki on naprawdę jest. Jest to zagadnienie bardzo trudne i rozległe opisywane w wielu bardzo grubych podręcznikach. Kolejnym wielkim utrudnieniem są ciągle poznawane i bardzo ciężkie w wytłumaczeniu zasady kwantowe rządzące atomami. My dopiero poznajemy ten świat i nasze słownictwo i wyobraźnia są zbyt skąpe, aby to wszystko zrozumieć. Nie mniej jednak mam nadzieję, że dałem rade chociaż w przybliżeniu nakreślić bardzo ogólny kształt tego jak atom wygląda i chociaż w minimalnym stopniu na podstawowym poziomie zrewidować i sprostować niektóre fakty i  mity krążące tak jak elektrony wokół tematyki atomów.



Pamiętajcie o naszym zaprzyjaźnionym Antykwariacie!